Năm 1951, Nguyễn Văn Thiệu kết hôn với bà Nguyễn Thị Mai Anh, là con gái thứ bảy (nên còn có biệt danh cô Bảy Mỹ Tho) trong một gia đình có mười anh chị em. Bà Mai Anh có gia đình Công giáo toàn tòng ở Mỹ Tho, có truyền thống làm nghề thầy thuốc.

Nguyễn Văn Thiệu rất tin vào phong thủy, nên đã cho chuyển hết mồ mả tổ tiên vào đặt ở đảo Ninh Chữ, gần Phan Rang, nơi được cho là có phong thủy rất tốt. Nguyễn Văn Thiệu còn cử ra đó một đơn vị canh gác tới 400 lính. Điều trớ trêu là đến tháng 4/1975, chính đơn vị này đã nổi loạn, dùng máy ủi san phẳng các ngôi mộ.[44] Trong cuốn sách "55 ngày chế độ Sài Gòn sụp đổ", Alan Dawson mô tả sự việc này: khi biết tỉnh Phan Rang đã sắp thuộc quyền kiểm soát của quân Giải phóng, một binh nhì tên Đức đã kêu gọi đồng đội nổi loạn để quay về nhà. Ba lính thuỷ quân lục chiến đã bẻ khóa công tắc máy ủi, một người lính ngồi ghế lái, binh nhì tên Đức và những người khác ngồi trên nóc, ở phía sau. Trong vòng 5 phút, các bia đá bị lưỡi gạt nghiến nát và mặt đất bị xới tung lên, chẳng còn cách nào để nhận ra những ai đã được chôn ở đấy. Nhóm lính sau đó bỏ đi, Trung tá Bảo (chỉ huy nhóm bảo vệ) không ngăn cản được nên chỉ gọi điện về báo cáo cho tướng Nguyễn Vĩnh Nghi, rồi sau đó cũng bỏ trốn. Nguyễn Văn Thiệu mặt mày trở nên trắng bệch khi nghe báo cáo về điều đó.